Западная стена храма прорезана тремя порталами, центральный из которых масштабнее; число входов соответствует количеству нефов. В наши дни базилика оборудована помостом, выстроенным на уровне второго яруса аркад. Таким образом, посетитель может детально осмотреть интерьер центрального нефа западной части и центральной ячейки, переходящий в мощный кубовидный объём (6,8 x 6,5 м), вероятно имевшей перекрытие в форме пирамидального деревянного шатра. Предположение о характере перекрытия исаврийских церквей конца V века, не дошедших до наших дней, высказал Армен Юрьевич Казарян, отмечая существование аналогичных решений в армянских христианских храмах этого периода. «Визуальное сходство обусловлено четкой граненностью объемов, щипцовым завершением средних зон фасадов, степенью наклона кровель. В Алахане, как и в Текоре и ряде армянских храмов, встречается редкий прием обработки почти глухих фасадов пилястрами. <…> Все это, в том числе и приземистость столбов, способствует усилению ощущения мощи и земной материальности. Еще более оно свойственно постройкам с обильным резным декором и богатой профилировкой не только апсидной, но и всех продольных арок» [Казарян 2001, с. 154–155].
С помоста, возносящего на высоту подпружных арок с их резными консолями, открывается фантастический по красоте пейзаж.